Repository Article

·2008

MATHEMATICAL MODELING OF METABOLIC PATHWAYS

Mustafa Bayram YTU , Burcu Özyurt Serim

DergiPark (Istanbul University)

Abstract

Bir metabolik patway’in kinetik analizini yapmak için, onun kinetik analizini tanımlayan matematiksel modelini inşa etmek en önemli olaydır. Bir metabolik teoride, iX metabolitinin ix konsantrasyonundaki değişimin hızı, sistemde bulunan ve her biri iX metabolitinin stokiyometri katsayısına göre ağırlıklı tane reaksiyonun hızlarının toplamı olarak kabul edilir. ve x sırasıyla hız ve konsantrasyon vektörlerini göstermek üzere, bir sistemin kinetiğinin matematik modeli rvdNvdt=xolarak yazılır. Burada metabolitlere ait stokiyometri matrisi, stokiyometri matrisi genelde bir sisteme ait ’ nin ayrışmasına bağlı olan, korunum bağıntılarının çıkarılışında önemli rol oynar. Bu çalışmada, verilen bir metabolik patway için korunum bağıntılarının hepsini çıkarmak amacıyla MAPLE de bir bilgisayar programı geliştirdik. Bu program verilen bir metabolik patway’e ait korunum bağıntılarını hesaplar. Bu metabolik patway de Metabolite ve ara ürünlerde herhangi bir kısıtlama yoktur.

Keywords

Kinetics Work (physics) Kinetic energy Metabolic pathway Metabolic rate Thermodynamics Biological system Chemistry Stoichiometry Metabolite Applied mathematics Mathematics Statistical physics Physics Physical chemistry Biochemistry Biology Metabolism Classical mechanics

Subject Areas

Advanced Control Systems Optimization ·Control and Systems Engineering ·Physical Sciences